Für die Bestimmung von lokalen Cn2-Werten werden 3D Ultraschallanemometer vom Typ HS-50 (Gill Instruments, GB) verwendet. Diese messen mit einer hohen zeitlichen Auflösung von 50 Hz Zeitreihen der Schallgeschwindigkeit zwischen 3 gegenüberliegenden Paaren von Sender- und Empfängereinheiten in 3 Richtungen. Aus den Laufzeitdifferenzen der Schallgeschwindigkeit können die horizontalen Windgeschwindigkeitskomponenten u und v, sowie die vertikale Windgeschwindigkeit w abgeleitet werden. Aus der Abhängigkeit der Schallgeschwindigkeit von der Temperatur kann die Zeitreihe von Temperaturschwankungen bestimmt werden.
Für Wellenlängen im sichtbaren und nahen Infrarot sind Temperaturschwankungen hauptsächlich für Variationen im Brechungsindex verantwortlich. Aus der Spektralanalyse der Zeitreihe der Temperaturschwankungen kann über eine Fourier-Transformation die Strukturfunktionskonstante der Temperatur CT2 ermittelt werden. Cn2 ist für den betrachteten Wellenlängenbereich proportional zu CT2 und man erhält Cn2 [1] nach